La `Crocifissione` faceva parte dei dipinti lasciati in eredeita dal pittoreai suoi discendenti al momento della morte. L'ultima erede diretta dell'artista, in assenza di discendenti, istituì nel 1806 un beneficio ecclesiastico che portò i dipinti in deposito presso le monache di Santa Chiara, dove ancora nel 1834 li segnalava Amico Ricci. Nel 1861 Cavalcaselle e Morelli ricordano la `Crocifissione` tra i beni depositati nel Palazzo Municipale di Sassoferrato. Infine nel 1900 gli eredi Frasconi, rientrati in possesso della quadreria, decisero di alienarla. Per l'acquisto si propose il Municipio di Sassoferrato, ma la trattativa non andò a buon fine e la collezione fu trasferita a Roma dai Frasconi.