Il dipinto fu realizzato nel 1661 per la chiesa di S. Pietro in Valle di Fano; così viene ricordato nel Libro dei Conti `Adi 16. di Ottobre 1661. Dal Molto R.do Pre: Etore Ghiselieri si e ricevuto Ducatoni Cento quaranta, per il Quadro del San: Giovani nel deserto fatto per la Citta di fano. fano in tutto L 700 che sono Scudi 175-0` (cfr. Mahon 1991, p. 384 n. 149); ricordato anche da padre Ligi nel suo manoscritto dettagliato sulla storia della congregazione e dell'esecuzione della chiesa (sec. XVIII, Bib. Federiciana di Fano) fu prelevato dai francesi nel 1797. Non ritornò nel 1816 perchè Canova, in veste di commissario papale per la restituzione delle opere d'arte, la incluse fra quelle da donare a Luigi XVIII. In seguito, per lungo tempo, il dipinto fu attribuito a scuola del Guercino e si perse il dato della sua provenienza, cambiata con una vaga provenienza da collezione privata francese.