Il dipinto fu acquistato dallo Stato nel 1904. Qualche anno prima era stato presentato presso il locale Ufficio Esportazioni da Charles Fairfax Murray, il quale lo aveva acquistato dal conte bitontino E. Rogadeo di Torrequadra. Il conte, residente a Napoli, lo aveva acquisito attraverso la moglie, erede di beni della famiglia Medici di Ottaviano. L'origine urbinate del dipinto sembrerebbe confermata dalle fonti letterarie e inventariali. Nelle cinquecentesche `Vite` dei matematici di Bernardino Baldi era ricordato nella Guardaroba dei principi di Urbino un ritratto al naturale di Pacioli con il suo libro `La summa de arithmetica` e alcuni corpi regolari di cristallo appesi, riferito a Piero della Francesca. Successivamente il dipinto viene citato nell'inventario del Palazzo Ducale di Urbino, dove è fatto anche esplicito riferimento al personaggio a fianco di Pacioli come `Duca Guido`.